脂肪酸代謝是將脂肪酸(飲食的重要組成部分)分解為有用成分的內部過程。從製造新蛋白質到儲存能量，人體的一切活動都需要脂肪酸。這些化學結構是生存所必需的，而均衡的飲食對於確保人們從各種來源獲得足夠的脂肪酸以滿足他們的飲食需求是至關重要的。脂肪酸代謝紊亂可能會導致健康問題。
脂肪酸的代謝過程從腸道開始，膽管的分泌物開始使脂肪酸溶解，這樣身體就可以通過腸壁吸收它們。肝臟和胰腺產生的酶能將脂肪酸分解成有用的塊，這些脂肪酸成分在血液中循環。身體儲存一些能量，以備未來的能源需求，並利用其他能量作為新項目的基礎。任何不必要的脂肪酸都會循環回到腸道或腎臟進行清除，這樣它們就不會在體內堆積。
脂肪酸代謝產生有用的化合物，身體以新的方式連接在一起，形成細胞膜、激素和其他化學物質的成分。如果沒有合適的脂肪酸，身體就很難找到修復損傷、傳遞激素信號和從事其他活動所需的建築材料。隨着時間的推移，這可能導致疾病的發展。
脂肪酸除了是體內構造物質的有用材料外，還是能量密度高的物質，是儲存能量的極佳方法。燃燒脂肪酸來獲取卡路里比使用其他結構，如碳水化合物，要有效得多。脂肪酸代謝允許身體儲存脂肪酸以備將來之需，此外，脂肪酸還可以直接供給身體需要能量的部位，如大腦。高能量需求的人，比如運動員，需要吃大量的脂肪酸來滿足能量需求。
脂肪酸的代謝可以產生好的和壞的化合物。有些脂肪酸是有益的，可以積極減少體內有害化合物的數量。其他的可能是有害的，可能會使人們面臨冠狀動脈疾病的風險。一個人的飲食決定了他體內脂肪酸的組成，因為脂肪酸的新陳代謝取決於可利用的原料。有害化合物的前體可能在某些飲食中大量存在，導致人們產生更多的有害脂肪酸，超過他們的身體能夠安全消除或處理的量。
