魚油通常被認為是非常有益的，但這並不意味着它們在某些情況下沒有風險。鮭魚油是由鮭的基本脂肪提煉而成的，鮭魚是一種冷水魚，自然含有大量的omega-3脂肪酸。這種油可以通過食用鮭魚肉或服用鮭魚油膳食補充劑被人體吸收。一般認為，適量服用對大多數人來説是安全的。但是，如果過量，它會引起麻煩，而且它的副作用對於有某些醫療問題的人更明顯，特別是血液狀況、心臟不規則和糖尿病。
直接吃三文魚很少有副作用。大多數情況下，服用營養補充劑會產生副作用。在補充劑中，油是從鮭魚的脂肪酸中提取出來的，並被包裝成膠囊。任何一種膠囊的含油量都因生產商而異，但大多數情況下，一到兩種膠囊的含油量與一般三文魚肉的含油量差不多。
當一個人經歷來自魚油的副作用時，通常是因為魚油被孤立地消耗，而不是其他任何東西。最常見的三文魚油副作用是胃部不適和短暫的噁心，有時還伴有腸胃脹氣。在服用鮭魚油膠囊時，吃餅乾或少量食物可能有助於預防這種不適。
歐米伽-3脂肪酸被稱為“健康脂肪”，但是大量攝入它們可能是有害的。特別是，omega-3脂肪酸被證明在大量攝入時會引起不規則出血。鮭魚油含有高濃度的omega-3脂肪酸，長時間服用大劑量的omega-3脂肪酸會導致內出血和中風。
大多數政府機構都沒有對營養補充劑進行監管，這意味着很少有推薦的每日劑量或設定可接受的使用水平的補充劑，如鮭魚油。然而，大多數營養補充劑生產商在產品上都有推薦的劑量，應該遵循這些劑量，以避免過量食用。雖然有大量的國際數據支持每天食用一些魚或鮭魚油的好處，但沒有證據表明大量食用比少量食用更好。
在其他情況下，還會出現更多不常見的三文魚油副作用。有血液問題的人應該在開始定期服用魚油前諮詢醫療專家，以避免靜脈發炎或增加不規則出血的風險。有心臟病史和糖尿病史的人也常常有特殊的副作用。鮭魚油中的一些化合物也被發現與一些處方藥相互作用，尤其是降低膽固醇的藥物和某些類固醇治療藥物。醫學專業人員或藥劑師將能夠回答與藥物有關的大麻哈魚油副作用的具體問題。
雖然在鮭魚油中並不常見，但汞中毒是魚油的一種罕見但嚴重的副作用。鮭魚本身汞含量不高，但其他魚類——尤其是金槍魚和鯖魚——汞含量通常很高。大量攝入汞會導致非常嚴重的健康問題。實際上，由多種魚油混合而成的三文魚油，其汞相關副作用的風險最大。
