魚油補充劑，尤其是大劑量食用時，可能會產生副作用。它們通常相當輕微，通常是由於您的身體未使用來處理脂肪魚油或omega-3膠囊中的特定成分(例如明膠)而發生的。
魚油補充劑最常見的副作用是“魚腥味”和消化不良，可引起腹脹，不適，腹瀉，抽筋，胃灼熱和噁心。由於魚油來自天然海洋資源，因此如果沒有魚腥味，就不可能攝取omega-3魚油。即使素食主義者的omega-3補充劑都是由海產品製成的，例如海藻或藻類。
大劑量服用omega-3可能會降低免疫系統的功能。人們還認為，通過防止凝血可以增加出血的風險。但是，根據2018年《循環雜誌》的研究，情況可能並非如此。無論如何，可能導致這些罕見副作用的劑量非常高，除非醫生建議，否則無需服用。
魚油補充劑的製造會對您的感受產生影響。成分的多樣性會影響副作用的嚴重程度，膠囊中的特定成分甚至可能是原因。例如，明膠膠囊與上消化道症狀有關，例如打和胃部不適。但是，其他類型的魚油丸(例如定時釋放膠囊)與下消化道症狀(如腹瀉和胃痙攣)相關。
如果魚油補充劑給您帶來打或胃灼熱等副作用，請嘗試切換藥丸類型。減少胃腸道副作用的其他方法包括將魚油膠囊保存在冰箱中，隨餐服用或在睡覺前服用，以減少它們的症狀。如果您無法找到副作用的解決方案，請不要擔心它們不會對您的健康產生任何負面的長期影響，在您停止服用藥後應消失。
但是，如果您服用其他藥物，請諮詢醫生以服用魚油補充劑是否可以。根據梅奧診所的説法，魚油可能會與抗凝藥和抗血小板藥，血壓藥，避孕藥和某些減肥藥(例如奧利司他)發生相互作用。
