懷孕期間服用魚油有積極和消極的作用。安全問題通常與魚類中的汞或視黃醇含量有關。這些物質可以從實際的魚類中轉化為魚油補充劑，並且在孕婦服用時會影響胎兒的健康。在某些情況下，魚油補充劑幾乎不含或不含視黃醇，但希望女性可以仔細閲讀標籤或與製造商聯繫，以找出特定產品的總汞含量。
魚油是omega-3脂肪酸的豐富來源。脂肪酸通常在食物中消耗，但研究人員發現許多人體內的omega-6脂肪酸含量高於omega-3。這兩者之間需要取得平衡，以實現最佳收益。專家傾向於支持在懷孕期間服用魚油，以實現更均衡的飲食。
根據美國國立衞生研究院(NIH)的數據，西方飲食通常含有15比1的omega-6與omega-3脂肪酸。當該比率降低至建議水平時，對健康的益處(如降低死亡率)將增加70%。增加omega-3的攝入量達到4比1的比例足以降低死亡風險。對於孕婦來説，要獲得omega-3脂肪酸的益處，可能需要尋找來源於魚體而不是魚肝的魚油。
魚肝油含有視黃醇，這是維生素A的一種形式。在懷孕期間應避免補充維生素A。產前維生素通常含有8,000 IU，這是通常所需的水平。當將肝魚油與產前維生素一起食用時，可能會增加類維生素A胚胎病的風險。
類維生素A胚胎病是一種綜合徵，可能導致胎兒的耳朵，面部和心臟變形。這種情況也可能會損害甲狀腺功能。懷孕時維生素A的毒性通常與視黃醇無關，而僅與視黃醇有關，因此必須注意避免這種情況。
魚油補充劑中的汞含量往往低於鮮魚。原因之一可能是在將魚油放入膠囊之前，可以對其進行清潔以降低其含量。希望在懷孕期間食用魚油的婦女應仔細閲讀成分標籤。汞含量低的魚(如沙丁魚，羅非魚和an魚)通常導致魚油含量低。
食用鮮魚時，人體傾向於在懷孕期間更好地吸收魚油。但是，美國懷孕協會(APA)建議孕婦每週吃不超過12盎司(約340克)的魚。APA還建議由於高汞含量而在懷孕期間不宜食用的魚，如方魚，旗魚和鯊魚。出於此原因，應避免的其他魚類包括石斑魚，馬林魚和橙魚。
