根據Heal With Food的説法，食用奇亞籽的可能的副作用包括血壓下降，過敏反應和前列腺癌的風險增加。由於奇亞籽含有大量的omega-3脂肪酸，它們可以起到血液稀釋劑的作用，對服用處方血液稀釋劑或阿司匹林的人造成負面影響，可能導致大量出血。
在某些情況下，人們對正大種子過敏，食用它們會引起蕁麻疹，皮疹或水汪汪的眼睛。在極少數情況下，某些人會對正大種子產生嚴重反應，導致呼吸困難和舌頭腫脹。這種過敏與芥末過敏有關。對芥菜或其他植物過敏的人應避免使用奇亞籽。在其他人中，奇亞籽由於其高纖維含量而引起胃腸道不適。
根據WebMD的研究，奇亞籽中所含的α-亞麻酸含量高，已顯示出罹患前列腺癌的風險增加。患前列腺癌風險增加的人應避免食用奇亞籽。由於在懷孕或母乳餵養期間食用奇亞對健康的影響的研究很少，因此建議避免在懷孕或母乳餵養時食用奇亞籽，以防止可能的不良影響。
WebMD解釋説，正大種子是最初由阿茲台克人種植的小種子，如今已被用作補充omega-3脂肪酸和纖維攝入量的補充劑。這些種子經常被希望降低中風和心臟病風險的患者服用，因為已證明omega-3脂肪酸和纖維可降低這些疾病的風險。每天吃37克特定種類的奇亞籽(稱為Salba)可降低血壓。但是，沒有足夠的研究來確定最佳劑量的正大種子。建議有興趣服用這種補充劑的患者在確定合適劑量時尋求醫生的指導。
