蛋白質被分解成氨基酸。這些氨基酸中有許多是必不可少的，這意味着人體無法制造它們，需要從食物中獲取它們。
蛋白質消化從胃開始，其中大的蛋白質分子分解成較小的多肽。這是由胃中的鹽酸和稱為蛋白酶的酶引起的。胰腺中產生了許多蛋白酶，包括胰蛋白酶，胰酶和胰凝乳蛋白酶。消化過程中蛋白質的分解稱為蛋白水解。這使人體能夠利用其無法制造的氨基酸。
蛋白水解產生的必需氨基酸是亮氨酸，組氨酸，賴氨酸，纈氨酸，苯丙氨酸，蘇氨酸，色氨酸，蛋氨酸和異亮氨酸。人體可以產生穀氨酸和丙氨酸等氨基酸，但如果人處於壓力下，可能無法產生谷氨醯胺，甘氨酸和半胱氨酸等其他氨基酸。這些氨基酸是機體正常運作所必需的。例如，谷氨醯胺在大腦中用作神經遞質，而甘氨酸則有助於紅細胞的健康。
氨基酸由胺，羧酸和將一個氨基酸與另一個氨基酸區分開的側鏈製成。
