最常見的漱口水副作用包括對口腔黏膜的刺激和口腔內的灼燒感。漱口水的味道會持續數小時，使食物嚐起來有金屬味、苦味或辛辣味。為了減輕口腔灼燒的副作用，可以使用味道更微妙的漱口水。有時，攝入大量的漱口水會導致更嚴重的副作用。這些症狀包括噁心、嘔吐、頭暈、腹瀉和頭暈。
雖然不小心吞下少量漱口水一般不被認為是嚴重的，但故意飲用漱口水可能會造成嚴重的副作用，甚至可能會危及生命。漱口水的副作用可能包括失去意識，癲癇，甚至心跳停止，因為某些漱口水含有高酒精含量。這些副作用與飲用過量酒精飲料的副作用類似。
漱口水最令人不安的副作用之一是它可能增加咽喉癌和口腔癌的風險。這也是由於某些漱口水的酒精含量高。雖然可能需要更多的證據來確定兩者之間的確切聯繫，但使用不含酒精的漱口水可能是謹慎的。漱口水的其他副作用包括刺激和脱落口腔組織，這是不舒服的，可能會為口腔感染甚至牙齦疾病奠定基礎。
漱口水的好處包括它能夠減少導致牙齦疾病和牙齒感染的口腔細菌。漱口水也可以幫助消除牙菌斑和口臭。使用含氟化物漱口水或漱口水的人蛀牙的風險可能更小。某些漱口水也可以緩解喉嚨痛。用漱口水漱口可以幫助緩解感染引起的喉嚨痛，但是，過於頻繁地用含酒精的漱口水漱口可能會導致疼痛。
當漱口水出現副作用時，應該諮詢牙科專業人士。他可以評估口腔組織損傷和討論使用非酒精漱口水的口腔衞生。然而，一些牙科專業人士根本不建議使用漱口水，而是建議一個良好的口腔衞生計劃，包括每天至少刷牙兩次，兩餐之間用牙線清潔牙齒。
