毛囊炎的治療包括家庭治療、非處方藥物治療和某些情況下的藥物治療。毛囊炎的特徵是發炎的毛囊可能會癢或刺痛。治療既有助於減輕症狀，又能治療潛在的感染，清除皮膚上受刺激的紅腫。
對於輕微的病例，家庭治療通常是有效的。每天用抗菌肥皂清洗感染區域有助於保持感染區域的清潔，同時也能對抗皮膚下導致腫塊的細菌。在患處敷上温的濕敷布5到10分鐘，可以幫助緩解瘙癢和疼痛。用1湯匙白醋和1-1/3杯水(14毫升醋和240毫升水)製成的髮膜效果特別好。
非處方抗菌乳膏和軟膏對輕度毛囊炎也有效。每天塗抹一種乳霜，如桿菌肽，有助於殺死感染毛囊的細菌。含有聚維酮碘的殺菌洗液也能抗菌，防止感染擴散。含硒的洗髮水可以治療頭皮或鬍鬚部位的毛囊炎。
受毛囊炎影響的剃鬚區域會進一步刺激毛囊，使情況變得更糟。如果該區域必須剃鬚，重要的是用温水和肥皂或敏感皮膚專用的剃鬚膏輕輕按摩該區域。每次刮毛囊炎部位時使用新的刀片有助於防止感染擴散或惡化。用無香味的乳液滋潤乾燥的皮膚可以幫助緩解毛囊炎和防止復發。
如果感染很深或很嚴重，或者在家治療不能消除，那麼治療毛囊炎是必要的。醫生或皮膚科醫生可以評估病情及其原因，以確定最可能清除感染的治療方法。由細菌感染引起的毛囊炎患者可能需要口服抗生素。處方強度的抗生素藥膏可以幫助清理中度病例。抗真菌藥物是由皮膚真菌感染引起的。
外用或口服皮質激素是治療毛囊炎，以幫助減少腫脹和刺激。皮質類固醇治療通常用於對其他藥物沒有反應的嚴重毛囊炎病例。患者應嚴格按照醫生的指示使用這些藥物，並在10天內停止使用。
