您可以使用非處方洗髮水或處方藥治療頭皮真菌。一些頭皮真菌的處方藥是外用的，而另一些是口服的。你也可以考慮在你的頭皮上使用可的鬆霜來緩解瘙癢。如果你去看醫生治療你的頭皮真菌，醫生可能會先嚐試確定你的真菌類型，然後再決定他應該開什麼樣的處方或推薦什麼樣的治療方法。根據感染的嚴重程度，可能不需要處方藥物。
頭皮上有兩種非常常見的真菌。第一種是頭癬，也稱為頭皮癬。儘管這個名字暗示頭皮上確實存在寄生蟲，但它實際上只是一種真菌。卵形圓孢菌(Pityrosporum ovale，簡稱P. ovale)是許多人頭皮上的另一種真菌。與頭癬不同，在頭皮上發現少量卵形瘧原蟲是正常的。這種真菌只有在過度生長時才會產生問題，從而導致過度瘙癢和剝落。
醫生應該能夠診斷出特定類型的頭皮真菌你有使用一種治療燈。這是一種設備，使用過濾過的紫外線使頭皮上的真菌區域發出明亮的藍色，這樣它們就很容易被發現。醫生應該能夠在顯微鏡下進行培養和檢查真菌的區域，以正確診斷你的頭皮真菌感染類型。當醫生知道你有哪種真菌後，他可以開處方或推薦藥物治療。
如果你得了頭癬，醫生可能會給你開一種叫做灰黃黴素的口服藥物，這種藥物可以防止真菌內部的細胞分裂。隨着時間的推移，這可以防止真菌的傳播。你可能還會被建議使用含有硫化硒的非處方洗髮水，硫化硒是大多數頭皮屑洗髮水的常見成分。如果醫生確定你患有卵形瘧原蟲，他可能不會給你開任何藥物，因為這種真菌通常很容易治療。在大多數情況下，非處方頭皮屑洗髮水可以有效地去除卵圓菌。
