咪康唑洗髮液被用來治療真菌感染。雖然咪康唑被批准用於人和動物，但它在動物身上的使用通常是通過洗髮水，而在人身上的使用通常是乳膏。如果使用得當，這種藥物洗髮水可以有效治療由毛黴菌屬真菌引起的皮膚感染。它通常用於貓狗身上。
許多哺乳動物都可能感染由毛黴菌引起的皮膚感染。在動物中，這種感染最常見的類型是癬，而在人類中，腳癬和運動性瘙癢更為常見。人類通常可以在患處使用含有咪康唑的藥膏，但在動物身上，可能更難準確地説出哪些部位受到了影響。因此，用一種可以覆蓋全身的咪康唑香波進行治療是理想的。
當用咪康唑香波治療動物時，一定要仔細遵循所有的指示。真菌感染很難完全根除，過早停止治療可能導致感染復發。開處方的獸醫會就給動物洗澡的頻率給出具體的説明，不過通常是一週洗兩次，直到症狀消失，然後每週洗一次，持續一段時間。咪康唑洗髮液治療的皮膚感染很容易轉移到皮膚的新部位、其他動物或人類身上，因此在給皮膚感染的動物洗髮時一定要採取適當的預防措施。
通常洗髮水中咪康唑的濃度是2%，這被認為對6周齡的小動物是安全的。這種香波不會傷害給動物洗澡的人。然而，它不被批准用於獸醫以外的領域。
咪康唑洗髮液如果進入黏膜或被吞食，會對動物造成傷害。當洗髮水在動物身上的時候，動物需要被監督，這樣它們就不會舔掉洗髮水。同樣重要的是，不要讓洗髮水進入它們的眼睛和鼻子，因為它會刺激這些薄膜。不常見的是，咪康唑洗髮液可能會引起諸如腫脹、發紅或皮疹等不良反應。這些症狀應向獸醫報告。
